Embætti ríkisskattstjóra skiptist upp í fjögur megin svið, svokölluð framleiðslusvið, en þau eru einstaklingsvið, atvinnurekstrarsvið, eftirlitssvið og skráasvið. Auk þess eru sjö stoðsvið hjá stofnuninni, þar af sex sem ganga þvert á framleiðslusviðin, þ.e. lögfræðisvið, fagsvið, skipulagssvið, tæknisvið, fjármálasvið og starfsmannasvið. Sjöunda stoðsviðið er síðan svið alþjóðasamskipta.

Meginverkefni einstaklingssviðs er að annast álagningu skattframtala einstaklinga og veita gjaldendum þjónustu og upplýsingar varðandi skattamál. Undir sviðið heyrir öll vinnsla framtala, kæruafgreiðsla og afgreiðsla skatterinda einstaklinga. Ennfremur heyra alþjóðamál og þjónustuver ríkisskattstjóra undir einstaklingssviðið.

Á atvinnurekstrarsviði eru meginverkefnin að annast álagningu skattframtala og virðisaukaskatts rekstraraðila, jafnt einstaklinga sem lögaðila. Undir sviðið heyrir öll vinnsla framtala, kæruafgreiðsla og afgreiðsla skatterinda rekstraraðila. Ennfremur heyrir undir sviðið allt er viðkemur virðisaukaskatti.

Eftirlitssviðið sér um að yfirfara gögn og upplýsingar um skattskil lögaðila og einstaklinga í þeim tilgangi að greina vantalda skattstofna og endurákvarða opinber gjöld. Í því felst að skapa varnaðaráhrif og vera leiðbeinandi og með þeim hætti tryggja jafnræði meðal skattaðila. Sviðið sér einnig um áhættugreiningar.

Meginverkefni skráasviðs er að halda utan um lögbundnar skrár, s.s. fyrirtækjaskrá, hlutafélagaskrá og ársreikningaskrá. Halda þarf þessum skrám reglubundið við svo þær séu sem réttastar hverju sinni. Sviðið sér um upplýsinga- og vottorðagjöf og hefur eftirlit með áreiðanleika upplýsinga sem og alþjóðlegum reikningsskilastöðlum

Lögfræðisvið sér um lögfræðiálit og almenna stjórnsýslu. Sviðið sér um umsagnir líkt og til ríkislögmanns og Alþingis, aðstoðar fjármálaráðuneytið vegna lagafrumvarpa, gerir kröfugerðir til yfirskattanefndar og sér um álitsgerðir fyrir Alþingi og endurákvarðanir fyrir skattrannsóknarstjóra ríkisins.

Meginverkefni fagsviðs eru fræðslumál, upplýsingamiðlun og samræmingarmál en sviðið sér um útgáfu handbóka, verklagsreglna og leiðbeininga, sér um að samræma skattframkvæmd og heldur námskeið fyrir starfsmenn ríkisskattstjóra og viðskiptavini.

Undir skipulagssvið falla þróunarmál, stefnumótun, hagræðing og innra samræmi og skipulag. Einnig sér sviðið um öryggismál líkt og aðgangsheimildir, gerir úttektir á innra öryggi og öryggisáætlanir.

Tæknisvið sér um hugbúnaðar- og vélbúnaðarmál embættisins. Í því felst rekstur á hugbúnaðarkerfum, tölvum, staðalbúnaði og gagnagrunnum. Auk þess sér sviðið um álagningarmál (álagningarstjórnun, regluprófanir o.fl.), hefur yfirumsjón með staðgreiðslu sem og allri prentun og hönnun.

Meginverkefni fjármálasviðs snúa að rekstri, líkt og bókhaldi, áætlanagerð, innkaupum o.þ.h. en undir sviðið fellur líka innri þjónusta eins og málaskráning og skjalavistun sem og skattatölfræði.

Starfsmannasvið hefur yfirumsjón með ráðningum, sér um launavinnslu og mótar og viðheldur starfsmannastefnu. Undir sviðið fellur einnig útgáfa fréttablaðsins Tíundar og ársskýrslu embættisins.

Undir alþjóðasamskipti falla öll erlend samskipti vegna alþjóðasamninga, samskipti við IOTA og OECD sem og erlend upplýsingaskipti, bæði regluleg og tilfallandi.